В Катунском хребте находится более 400 озер. Самое известное из них - Аккемское - образовано Аккемским ледником, падающим с северной стены Белухи. В ясный день в озере отражается Белуха. Неподалеку находится Долина Семи Озер.

В западной части Катунского хребта расположены живописные Мультинские озера. Два из них - Верхнее Мультинское и Поперечное - входят в состав Катунского биосферного заповедника. Примечательно, что самое маленькое из Мультинских озер, Верхнее, имеет самую большую глубину - 47 метров.

В бассейне Катуни на высоте около 2000 метров находятся Каракольские озера — памятник природы Республики Алтай. Привлекательной особенностью района Каракольских озер является то, что как раз здесь проходит граница между кедровым с примесью лиственницы лесом и альпийскими лугами, пестреющими удивительно красочным разнотравьем. Абсолютная высота самого нижнего из Каракольских